平成21年（2009年）農林水産省令
| 一 | 1月14日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二 | 2月3日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 三 | 2月4日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 四 | 2月6日 | 沿岸漁業改善資金助成法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五 | 2月13日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 六 | 2月16日 | 農林畜水産業関係補助金等交付規則の一部を改正する省令 |
| 七 | 2月20日 | 獣医療法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八 | 3月6日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 九 | 3月18日 | 統計法の施行に伴う農林水産省関係省令の整備に関する省令 |
| 一〇 | 3月18日 | 種苗法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一一 | 3月18日 | 品種登録規則の一部を改正する省令 |
| 一二 | 3月19日 | 農林業センサス規則の一部を改正する省令 |
| 一三 | 3月19日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一四 | 3月27日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一五 | 3月27日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 一六 | 3月27日 | 土地改良法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一七 | 3月31日 | 農林水産省定員規則の一部を改正する省令 |
| 一八 | 3月31日 | 林業経営基盤の強化等の促進のための資金の融通等に関する暫定措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一九 | 3月31日 | エネルギーの使用の合理化に関する法律第八十七条第十二項の規定による立入検査証の様式を定める省令の一部を改正する省令 |
| 二〇 | 4月1日 | 遊漁船業の適正化に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 二一 | 4月1日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 二二 | 4月7日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二三 | 4月15日 | 水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二四 | 4月20日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二五 | 4月20日 | 森林組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二六 | 4月20日 | 水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二七 | 4月24日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二八 | 4月24日 | 水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二九 | 4月27日 | 農林畜水産業関係補助金等交付規則の一部を改正する省令 |
| 三〇 | 5月12日 | 農業改良助長法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三一 | 5月18日 | 愛がん動物用飼料の安全性の確保に関する法律第十三条の規定による立入検査等及び報告に関する省令 |
| 三二 | 5月18日 | 愛がん動物用飼料の安全性の確保に関する法律第十六条第一項の規定により地方農政局長に委任する権限を定める省令 |
| 三三 | 5月21日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 三四 | 5月27日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三五 | 5月27日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三六 | 5月29日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三七 | 5月29日 | 水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三八 | 6月3日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三九 | 6月22日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四〇 | 6月23日 | 飼料及び飼料添加物の成分規格等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四一 | 6月30日 | 米穀の新用途への利用の促進に関する法律施行規則 |
| 四二 | 7月2日 | 農林畜水産業関係補助金等交付規則の一部を改正する省令 |
| 四三 | 7月7日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 四四 | 7月7日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四五 | 7月16日 | 農林水産省の所管する法令に係る民間事業者等が行う書面の保存等における情報通信の技術の利用に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 四六 | 7月21日 | イモゾウムシ及びアリモドキゾウムシの緊急防除に関する省令 |
| 四七 | 7月22日 | 育成者権を侵害する物品に該当するか否かの認定手続に係る農林水産大臣の意見聴取に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四八 | 7月22日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四九 | 8月5日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 五〇 | 8月28日 | 独立行政法人農業者年金基金法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五一 | 8月28日 | 農林水産省定員規則の一部を改正する省令 |
| 五二 | 8月28日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 五三 | 8月28日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 五四 | 9月11日 | 牛の個体識別のための情報の管理及び伝達に関する特別措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五五 | 9月16日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五六 | 9月16日 | 水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五七 | 9月16日 | 漁業災害補償法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五八 | 9月24日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五九 | 9月30日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 六〇 | 10月20日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六一 | 11月5日 | 米穀等の取引等に係る情報の記録及び産地情報の伝達に関する法律施行令第七条第四項の規定に基づく都道府県知事の報告に関する省令 |
| 六二 | 11月5日 | 主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 六三 | 11月5日 | 米穀の出荷販売事業者が遵守すべき事項を定める省令 |
| 六四 | 12月11日 | 農地法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 六五 | 12月16日 | 厚生年金保険制度及び農林漁業団体職員共済組合制度の統合を図るための農林漁業団体職員共済組合法等を廃止する等の法律の施行に伴う存続組合が支給する特例年金給付等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 六六 | 12月24日 | 森林国営保険法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六七 | 12月28日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六八 | 12月28日 | 水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六九 | 12月28日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |