平成18年（2006年）農林水産省令
| 一 | 2月1日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二 | 2月1日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三 | 2月16日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 四 | 3月1日 | 育成者権を侵害する物品に該当するか否かの認定手続に係る農林水産大臣の意見聴取に関する省令 |
| 五 | 3月1日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 六 | 3月1日 | 農林水産省の所管する法令に係る民間事業者等が行う書面の保存等における情報通信の技術の利用に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 七 | 3月8日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八 | 3月9日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 九 | 3月9日 | 農林水産省所管の不動産登記の嘱託職員を指定する省令の一部を改正する省令 |
| 一〇 | 3月13日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一一 | 3月16日 | 持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 一二 | 3月16日 | 水産業協同組合の事業報告書、貸借対照表、損益計算書及び附属明細書並びに計算に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一三 | 3月20日 | 承認漁業等の取締りに関する省令の一部を改正する省令 |
| 一四 | 3月22日 | 農山漁村滞在型余暇活動のための基盤整備の促進に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 一五 | 3月23日 | 農産物検査印紙の売さばきに関する省令を廃止する省令 |
| 一六 | 3月24日 | 農林水産省の職員が検査の際に携帯する身分証明書の様式を定める省令の一部を改正する省令 |
| 一七 | 3月28日 | 漁船損害等補償法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一八 | 3月28日 | 漁業災害補償法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一九 | 3月29日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 二〇 | 3月30日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二一 | 3月30日 | 独立行政法人緑資源機構が行う独立行政法人緑資源機構法第十一条第一項第一号に規定する林道の開設又は改良の事業に係る環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査、予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指針、環境の保全のための措置に関する指針等を定める省令の一部を改正する省令 |
| 二二 | 3月31日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 二三 | 3月31日 | 土地改良法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二四 | 3月31日 | エネルギーの使用の合理化に関する法律第二十五条第六項の規定による立入検査証の様式を定める省令の一部を改正する省令 |
| 二五 | 3月31日 | 農林水産技術会議事務局組織規則の一部を改正する省令 |
| 二六 | 3月31日 | 農林水産省定員規則の一部を改正する省令 |
| 二七 | 3月31日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二八 | 3月31日 | 動物用医薬品等手数料規則の一部を改正する省令 |
| 二九 | 3月31日 | 漁業登録令施行規則の一部を改正する省令 |
| 三〇 | 3月31日 | 独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律の施行に伴う農林水産省関係省令の整備に関する省令 |
| 三一 | 4月3日 | 森林管理局署職員服制の一部を改正する省令 |
| 三二 | 4月10日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三三 | 4月20日 | 農林畜水産業関係補助金等交付規則の一部を改正する省令 |
| 三四 | 4月21日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三五 | 4月24日 | 家畜商法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三六 | 4月24日 | 肉用子牛生産安定等特別措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三七 | 4月25日 | 農地法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三八 | 4月25日 | 農業経営基盤強化促進法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三九 | 4月26日 | 卸売市場法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四〇 | 4月27日 | 輸出水産業の振興に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 四一 | 4月28日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四二 | 4月28日 | 水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四三 | 4月28日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 四四 | 5月1日 | 独立行政法人農畜産業振興機構法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四五 | 5月1日 | 農業法人に対する投資の円滑化に関する特別措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四六 | 5月1日 | 森林組合法施行規則の全部を改正する省令 |
| 四七 | 5月1日 | 厚生年金保険制度及び農林漁業団体職員共済組合制度の統合を図るための農林漁業団体職員共済組合法等を廃止する等の法律の施行に伴う存続組合が支給する特例年金給付等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四八 | 5月8日 | 経済上の連携に関する日本国政府とマレーシア政府との間の協定に基づく農林水産省の所掌事務に係る物資の関税割当制度に関する省令 |
| 四九 | 5月22日 | 飼料及び飼料添加物の成分規格等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 五〇 | 5月24日 | 農林水産省関係構造改革特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五一 | 5月29日 | 育成者権を侵害する物品に該当するか否かの認定手続に係る農林水産大臣の意見聴取に関する省令の一部を改正する省令 |
| 五二 | 5月29日 | 農林水産技術会議事務局組織規則の一部を改正する省令 |
| 五三 | 5月30日 | 種苗法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五四 | 5月30日 | 品種登録規則の一部を改正する省令 |
| 五五 | 6月1日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五六 | 6月2日 | 農林漁業団体職員共済組合の財務及び会計に関する省令の一部を改正する省令 |
| 五七 | 6月7日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五八 | 6月23日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五九 | 6月27日 | 農業の担い手に対する経営安定のための交付金の交付に関する法律施行規則 |
| 六〇 | 6月28日 | 主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 六一 | 6月30日 | 独立行政法人農業者年金基金法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六二 | 6月30日 | 農林水産省関係研究交流促進法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六三 | 7月5日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六四 | 7月6日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 六五 | 7月7日 | 農業倉庫業法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六六 | 7月25日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 六七 | 7月26日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 六八 | 7月28日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六九 | 7月31日 | 砂糖の価格調整に関する法律及び独立行政法人農畜産業振興機構法の一部を改正する等の法律の施行に伴う関係農林水産省令の整備に関する省令 |
| 七〇 | 8月1日 | 種苗法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七一 | 8月1日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 七二 | 8月7日 | 農業の担い手に対する経営安定のための交付金の交付に関する法律第四条第二項の金額の算定に関する省令 |
| 七三 | 8月14日 | 中心市街地における市街地の整備改善及び商業等の活性化の一体的推進に関する法律第二十七条に規定する業務に係る食品流通構造改善促進機構に関する省令の一部を改正する省令 |
| 七四 | 9月1日 | 飼料及び飼料添加物の成分規格等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 七五 | 9月22日 | 砂糖の価格調整に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 七六 | 9月27日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 七七 | 9月27日 | 農業災害補償法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七八 | 9月27日 | 海面漁業生産統計調査規則の一部を改正する省令 |
| 七九 | 9月28日 | 独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営並びに財務及び会計に関する省令及び独立行政法人農畜産業振興機構法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八〇 | 9月29日 | 特定特殊自動車排出ガスの規制等に関する法律第三十三条の規定により地方農政局長に委任する権限を定める省令 |
| 八一 | 9月29日 | 森林法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八二 | 10月2日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八三 | 10月26日 | 農業災害補償法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八四 | 11月1日 | 肥料取締法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八五 | 11月7日 | 競馬法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八六 | 11月9日 | 農業災害補償法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八七 | 11月28日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八八 | 12月1日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 八九 | 12月1日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 九〇 | 12月12日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 九一 | 12月14日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令及び承認漁業等の取締りに関する省令の一部を改正する省令 |
| 九二 | 12月15日 | 独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営並びに財務及び会計に関する省令等の一部を改正する省令 |
| 九三 | 12月25日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 九四 | 12月27日 | 牛乳乳製品統計調査規則の一部を改正する省令 |