平成18年（2006年）文部科学省
文部科学省・厚生労働省
| 一 | 8月4日 | 就学前の子どもに関する教育、保育等の総合的な提供の推進に関する法律第三条第一項第四号及び同条第二項第三号の規定に基づき、文部科学大臣と厚生労働大臣とが協議して定める施設の設備及び運営に関する基準 |
文部科学省・厚生労働省・農林水産省・国土交通省
| 一 | 3月10日 | 激甚災害に対処するための特別の財政援助等に関する法律施行令の規定に基づき、平成十七年に発生した激甚災害に係る特定地方公共団体の指定をする件 |
文部科学省・農林水産省・環境省
| 一 | 8月9日 | アカガシラカラスバトに関する保護増殖事業計画を定める件 |
| 二 | 8月9日 | アホウドリに関する保護増殖事業計画を定める件 |
文部科学省・経済産業省
| 一 | 1月25日 | 原子炉主任技術者試験の実施細目等に関する規則の規定により認定課程として認定した件 |
| 二 | 2月28日 | 発電用施設周辺地域整備法第三条第一項の規定に基づき地点を指定した件 |
| 三 | 4月17日 | 原子炉主任技術者試験の実施細目等に関する規則に基づき、口答試験を受験する資格を認める講習機関等を指定する件の一部を改正する件 |
| 四 | 8月18日 | 中小企業の新たな事業活動の促進に関する法律第二条第九項の規定に基づき平成十八年度予算に係る特定補助金等を指定する件 |
| 五 | 9月25日 | 電源立地地域対策交付金交付規則の一部を改正する規則を定めた件 |
| 六 | 10月6日 | 電源立地地域対策交付金交付規則の一部を改正する規則を定めた件 |
| 七 | 10月10日 | 交付金事務等交付金交付規則の一部を改正する規則を定めた件 |
文部科学省・経済産業省・国土交通省
| 一 | 12月26日 | 核燃料物質等の工場又は事業所の外における運搬に関する技術上の基準に係る細目等を定める告示の一部を改正する件 |