平成16年（2004年）文部科学省令
| 一 | 1月9日 | 学校基本調査規則の一部を改正する省令 |
| 二 | 1月9日 | 学校保健統計調査規則の一部を改正する省令 |
| 三 | 1月9日 | 学校教員統計調査規則の一部を改正する省令 |
| 四 | 1月9日 | 技術士法施行規則及び指定試験機関及び指定登録機関に関する規則の一部を改正する省令 |
| 五 | 2月2日 | 試験研究の用に供する原子炉等の設置、運転等に関する規則の一部を改正する省令 |
| 六 | 2月2日 | 核燃料物質の使用等に関する規則の一部を改正する省令 |
| 七 | 3月12日 | 学校教育法第六十九条の四第二項に規定する基準を適用するに際して必要な細目を定める省令 |
| 八 | 3月12日 | 学校教育法施行規則の一部を改正する省令 |
| 九 | 3月24日 | 独立行政法人海洋研究開発機構に関する省令 |
| 一〇 | 3月25日 | 国立教育政策研究所組織規則の一部を改正する省令 |
| 一一 | 3月25日 | 放射性同位元素等による放射線障害の防止に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 一二 | 3月29日 | 教科用図書検定規則の一部を改正する省令 |
| 一三 | 3月30日 | 博物館法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一四 | 3月31日 | 私立学校教職員共済法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一五 | 3月31日 | 国立大学法人法等の施行に伴う文部科学省関係省令の整備等に関する省令 |
| 一六 | 3月31日 | 国立大学等の授業料その他の費用に関する省令 |
| 一七 | 3月31日 | 国立高等専門学校の授業料その他の費用に関する省令 |
| 一八 | 3月31日 | 教員資格認定試験規程の一部を改正する省令 |
| 一九 | 3月31日 | 小学校及び中学校の教諭の普通免許状授与に係る教育職員免許法の特例等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 二〇 | 3月31日 | 高等学校設置基準 |
| 二一 | 3月31日 | 高等学校通信教育規程の一部を改正する省令 |
| 二二 | 3月31日 | 学校教育法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二三 | 3月31日 | 独立行政法人日本学生支援機構に関する省令 |
| 二四 | 3月31日 | 文部科学省関係構造改革特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二五 | 3月31日 | 文部科学省関係構造改革特別区域法第二条第三項に規定する省令の特例に関する措置及びその適用を受ける特定事業を定める省令の一部を改正する省令 |
| 二六 | 4月1日 | 文部科学省定員規則の一部を改正する省令 |
| 二七 | 4月1日 | 文部科学省組織規則の一部を改正する省令 |
| 二八 | 4月1日 | 義務教育費国庫負担法第二条ただし書の規定に基づき教職員の給与及び報酬等に要する経費の国庫負担額の最高限度を定める政令施行規則 |
| 二九 | 4月7日 | 教育職員免許法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三〇 | 4月15日 | 文部科学省所管補助金等の申請書等に係る電磁的記録及び電磁的方法を定める省令 |
| 三一 | 4月30日 | 教育職員免許法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三二 | 4月30日 | 文部科学省関係構造改革特別区域法第二条第三項に規定する省令の特例に関する措置及びその適用を受ける特定事業を定める省令の一部を改正する省令 |
| 三三 | 4月30日 | 文部科学省関係構造改革特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三四 | 6月21日 | 専修学校設置基準の一部を改正する省令 |
| 三五 | 6月21日 | 各種学校規程の一部を改正する省令 |
| 三六 | 6月30日 | 教育職員免許法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三七 | 7月9日 | 私立学校法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三八 | 7月12日 | 就学義務猶予免除者等の中学校卒業程度認定規則の一部を改正する省令 |
| 三九 | 8月31日 | 文部科学省関係構造改革特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四〇 | 8月31日 | 文部科学省関係構造改革特別区域法第二条第三項に規定する省令の特例に関する措置及びその適用を受ける特定事業を定める省令の一部を改正する省令 |
| 四一 | 9月30日 | 学校基本調査規則等の一部を改正する省令 |
| 四二 | 12月13日 | 学校教育法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 四三 | 12月15日 | 学校教育法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 四四 | 12月17日 | 文部科学省関係構造改革特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四五 | 12月22日 | 文部科学省関係構造改革特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四六 | 12月24日 | 放射性同位元素等による放射線障害の防止に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 四七 | 12月28日 | 著作権等管理事業法施行規則の一部を改正する省令 |