平成16年（2004年）農林水産省令
| 一 | 1月8日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 二 | 1月8日 | 農産物検査法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三 | 1月15日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 四 | 1月15日 | 飼料及び飼料添加物の成分規格等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 五 | 1月20日 | 農業協同組合及び農業協同組合連合会の共済事業に関する省令の一部を改正する省令 |
| 六 | 1月22日 | 独立行政法人農林水産消費技術センターの業務運営並びに財務及び会計に関する省令等の一部を改正する省令 |
| 七 | 1月30日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 八 | 1月30日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 九 | 2月10日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一〇 | 2月17日 | 遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律第三十二条の規定による立入検査等及び報告に関する省令 |
| 一一 | 2月24日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 一二 | 2月24日 | 農業委員会等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 一三 | 2月24日 | 海区漁業調整委員会委員の選挙等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一四 | 2月27日 | 農業振興地域の整備に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 一五 | 3月1日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一六 | 3月5日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 一七 | 3月15日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 一八 | 3月18日 | 土地改良法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 一九 | 3月19日 | 牛乳乳製品統計調査規則の一部を改正する省令 |
| 二〇 | 3月19日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二一 | 3月24日 | 水産業協同組合の事業報告書、貸借対照表、損益計算書及び附属明細書並びに計算に関する省令の一部を改正する省令 |
| 二二 | 3月24日 | 農業災害補償法第十四条の規定による事務費国庫負担金交付規則の一部を改正する省令 |
| 二三 | 3月25日 | 農林水産省関係研究交流促進法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二四 | 3月25日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 二五 | 3月26日 | 農林水産省関係構造改革特別区域法第二条第三項に規定する省令の特例に関する措置及びその適用を受ける特定事業を定める省令の一部を改正する省令 |
| 二六 | 3月26日 | 感染症の病原体を媒介するおそれのある動物の輸入に関する規則の一部を改正する省令 |
| 二七 | 3月26日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二八 | 3月29日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 二九 | 3月30日 | 漁船法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三〇 | 3月31日 | 農林水産省関係構造改革特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三一 | 4月1日 | 遺伝子組換え生物等の使用等の規制による生物の多様性の確保に関する法律第三十二条の規定による立入検査等及び報告に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三二 | 4月1日 | 農地法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三三 | 4月1日 | 農業振興地域の整備に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 三四 | 4月1日 | 競馬法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三五 | 4月1日 | 農林水産省定員規則の一部を改正する省令 |
| 三六 | 4月1日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 三七 | 4月1日 | 森林法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三八 | 4月5日 | 主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 三九 | 4月19日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 四〇 | 4月23日 | 肥料取締法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四一 | 4月28日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四二 | 4月28日 | 農林水産省関係構造改革特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四三 | 4月30日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 四四 | 4月30日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四五 | 5月13日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 四六 | 5月17日 | 農業協同組合及び農業協同組合連合会の事業報告書、貸借対照表、損益計算書及び附属明細書並びに計算に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四七 | 5月20日 | 農林業センサス規則の一部を改正する省令 |
| 四八 | 6月2日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四九 | 6月4日 | 農薬取締法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五〇 | 6月9日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 五一 | 6月9日 | 卸売市場法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五二 | 6月11日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 五三 | 6月18日 | 農林畜水産業関係補助金等交付規則の一部を改正する省令 |
| 五四 | 6月21日 | 農薬取締法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五五 | 6月25日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 五六 | 7月1日 | 農地法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五七 | 7月6日 | 承認漁業等の取締りに関する省令の一部を改正する省令 |
| 五八 | 7月12日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 五九 | 7月14日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 六〇 | 7月16日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 六一 | 7月27日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 六二 | 7月29日 | 青年等の就農促進のための資金の貸付け等に関する特別措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六三 | 7月30日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 六四 | 8月30日 | 農林水産省関係構造改革特別区域法第二条第三項に規定する省令の特例に関する措置及びその適用を受ける特定事業を定める省令の一部を改正する省令 |
| 六五 | 8月30日 | 農地法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六六 | 9月3日 | 農林水産省関係構造改革特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六七 | 9月7日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六八 | 9月9日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六九 | 9月17日 | 農林水産大臣の所管に属する公益法人の設立及び監督に関する規則の一部を改正する省令 |
| 七〇 | 9月17日 | 農林水産大臣の所管に属する公益信託の引受けの許可及び監督に関する規則の一部を改正する省令 |
| 七一 | 9月29日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七二 | 9月30日 | 農林水産技術会議事務局組織規則の一部を改正する省令 |
| 七三 | 9月30日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 七四 | 9月30日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 七五 | 10月6日 | 犬等の輸出入検疫規則の一部を改正する省令 |
| 七六 | 10月7日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 七七 | 10月12日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 七八 | 10月12日 | 飼料の安全性の確保及び品質の改善に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 七九 | 10月12日 | 飼料及び飼料添加物の成分規格等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 八〇 | 10月19日 | 農業委員会等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 八一 | 10月20日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八二 | 10月27日 | 飼料及び飼料添加物の成分規格等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 八三 | 10月29日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 八四 | 11月1日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 八五 | 11月25日 | 海洋生物資源の保存及び管理に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 八六 | 11月26日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 八七 | 11月26日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 八八 | 11月30日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 八九 | 12月1日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 九〇 | 12月1日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 九一 | 12月1日 | 承認漁業等の取締りに関する省令の一部を改正する省令 |
| 九二 | 12月7日 | 森林法施行規則の一部を改正する省令 |
| 九三 | 12月10日 | 種苗法施行規則の一部を改正する省令 |
| 九四 | 12月10日 | 競馬法施行規則の一部を改正する省令 |
| 九五 | 12月13日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 九六 | 12月15日 | 独立行政法人緑資源機構が行う独立行政法人緑資源機構法第十一条第一項第一号に規定する林道の開設又は改良の事業に係る環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査、予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指針、環境の保全のための措置に関する指針等を定める省令の一部を改正する省令 |
| 九七 | 12月15日 | 景観農業振興地域整備計画に関する省令 |
| 九八 | 12月15日 | 集落地域整備法施行規則の一部を改正する省令 |
| 九九 | 12月16日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一〇〇 | 12月17日 | 品種登録規則の一部を改正する省令 |
| 一〇一 | 12月17日 | 家畜商法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一〇二 | 12月17日 | 農林水産省関係構造改革特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一〇三 | 12月21日 | 競馬法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一〇四 | 12月22日 | 農林水産省関係構造改革特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一〇五 | 12月24日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 一〇六 | 12月24日 | 農林物資の規格化及び品質表示の適正化に関する法律に基づく登録格付機関等を登録する省令の一部を改正する省令 |
| 一〇七 | 12月24日 | 動物用医薬品等取締規則 |
| 一〇八 | 12月27日 | 農林水産省関係構造改革特別区域法第二条第三項に規定する省令の特例に関する措置及びその適用を受ける特定事業を定める省令の一部を改正する省令 |
| 一〇九 | 12月28日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 一一〇 | 12月28日 | 農業災害補償法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 一一一 | 12月28日 | 農林水産省の職員が検査の際に携帯する身分証明書の様式を定める省令の一部を改正する省令 |
| 一一二 | 12月28日 | 水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |