平成16年（2004年）文部科学省
文部科学省・厚生労働省
| 一 | 12月28日 | 疫学研究に関する倫理指針の全部を改正する件 |
| 二 | 12月28日 | 遺伝子治療臨床研究に関する指針の全部を改正する件 |
文部科学省・厚生労働省・農林水産省・国土交通省
| 一 | 3月12日 | 激甚災害に対処するための特別の財政援助等に関する法律施行令の規定に基づき、平成十五年に発生した激甚災害に係る特定地方公共団体の指定をする件 |
文部科学省・厚生労働省・経済産業省
| 一 | 12月28日 | ヒトゲノム・遺伝子解析研究に関する倫理指針の全部を改正する件 |
文部科学省・厚生労働省・経済産業省・国土交通省
| 一 | 2月26日 | 第一種指定事業者（上水道業、下水道業及び廃棄物処理業を除く。）による中長期的な計画の作成のための指針を定めた件 |
文部科学省・農林水産省
| 一 | 9月6日 | 種苗法第六条第二項及び第三項、第三十八条第二項及び第三項並びに第四十七条第二項の規定について、国とみなしてこれらの規定を準用する国立大学法人を指定する件 |
文部科学省・農林水産省・国土交通省・環境省
| 一 | 11月19日 | ヤンバルクイナに関する保護増殖事業計画を定める件 |
| 二 | 11月19日 | アユモドキに関する保護増殖事業計画を定める件 |
文部科学省・農林水産省・環境省
| 一 | 11月19日 | アマミノクロウサギに関する保護増殖事業計画を定める件 |
文部科学省・経済産業省
| 一 | 1月13日 | ウラン加工施設事故影響対策特別交付金交付規則の一部を改正する件 |
| 二 | 2月6日 | 電源立地地域対策交付金交付規則 |
| 三 | 3月31日 | 交付金事務等交付金交付規則の一部を改正する規則 |
| 四 | 4月1日 | 電源開発促進対策特別会計法施行令第一条第一項第一号の文部科学大臣及び経済産業大臣が定める同号ニに掲げる交付金に係る基準を定める件の一部を改正する件 |
| 五 | 5月7日 | 新事業創出促進法第二条第七項の規定に基づき平成十六年度予算に係る特定補助金等を定める件 |
| 六 | 7月12日 | 原子力発電施設等緊急時安全対策交付金交付規則の一部を改正する規則を定める件 |
| 七 | 12月10日 | 電源立地地域対策交付金交付規則の一部を改正する規則を定めた件 |
文部科学省・経済産業省・国土交通省
| 一 | 12月24日 | 核燃料物質等の工場又は事業所の外における運搬に関する技術上の基準に係る細目等を定める告示の一部を改正する件 |
文部科学省・国土交通省
| 一 | 3月31日 | 国立大学法人法施行令第二十二条第三項の規定に基づき、航空法第百三十五条の政令で定める国とみなして同条の規定を準用する国立大学法人及び大学共同利用機関法人を指定する件 |
文部科学省・環境省
| 一 | 9月30日 | 環境保全の意欲の増進及び環境教育の推進に関する基本的な方針 |