平成11年（1999年）文部省
文部省令
| 一 | 1月18日 | 学校教育法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二 | 1月25日 | 教科用図書検定規則の一部を改正する省令 |
| 三 | 3月5日 | 日本私立学校振興・共済事業団法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四 | 3月19日 | 大学の設置等の認可の申請手続等に関する規則の一部を改正する省令 |
| 五 | 3月23日 | 学校教育法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 六 | 3月25日 | 日本体育・学校健康センター法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七 | 3月29日 | 学校教育法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八 | 3月29日 | 盲学校、聾学校及び養護学校の高等部の学科を定める省令の一部を改正する省令 |
| 九 | 3月30日 | 著作権法施行規則及び著作権に関する仲介業務に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 一〇 | 3月30日 | 私立学校教職員共済法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一一 | 3月30日 | 私立学校法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一二 | 3月31日 | 国立学校設置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一三 | 3月31日 | 国立大学の学科及び課程並びに講座及び学科目に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一四 | 3月31日 | 教育公務員特例法施行令第一条の規定に基づき大学院に置かれる研究科の長を定める省令の一部を改正する省令 |
| 一五 | 3月31日 | 国立大学の大学附置の研究所の研究部門に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一六 | 3月31日 | 大学共同利用機関組織運営規則の一部を改正する省令 |
| 一七 | 3月31日 | 社会通信教育規程の一部を改正する省令 |
| 一八 | 3月31日 | 義務教育費国庫負担法第二条但書の規定に基き教職員給与費等の国庫負担額の最高限度を定める政令施行規則及び公立養護学校整備特別措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一九 | 3月31日 | 学校教育法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 二〇 | 3月31日 | 文部省定員規則の一部を改正する省令 |
| 二一 | 3月31日 | 日本学術振興会法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二二 | 3月31日 | 日本学術振興会の財務及び会計に関する省令の一部を改正する省令 |
| 二三 | 3月31日 | 日本育英会が専修学校に在学する者に対し学資の貸与を行う場合の当該者の在学する専修学校の課程を定める省令の一部を改正する省令 |
| 二四 | 4月1日 | 文部省設置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二五 | 4月6日 | 大学入学資格検定規程の一部を改正する省令 |
| 二六 | 4月15日 | 大学入試センター組織運営規則の一部を改正する省令 |
| 二七 | 4月28日 | 義務教育諸学校施設費国庫負担法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 二八 | 4月30日 | 日本育英会が学資の貸与を行う場合の認定の基準及び方法に関する省令の一部を改正する省令 |
| 二九 | 6月1日 | 国立学校における授業料その他の費用に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三〇 | 6月3日 | 学校教育法施行規則の一部を改正する省令等の一部を改正する省令 |
| 三一 | 6月3日 | 盲学校、聾学校及び養護学校の高等部の学科を定める省令の一部を改正する省令の一部を改正する省令 |
| 三二 | 7月2日 | 教科書の発行に関する臨時措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三三 | 7月21日 | 地方分権の推進を図るための関係法律の整備等に関する法律附則第五十九条ただし書の規定に基づき地方公共団体からの別段の申出の手続を定める省令 |
| 三四 | 8月31日 | 学校教育法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三五 | 8月31日 | 学校教育法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 三六 | 9月3日 | 大学入学資格検定規程の一部を改正する省令 |
| 三七 | 9月14日 | 学校教育法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三八 | 9月14日 | 学校教育法等の一部を改正する法律附則第二項の規定に基づき同法による改正後の学校教育法第五十五条の三の規定を適用しない者を定める省令 |
| 三九 | 9月14日 | 国立学校設置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四〇 | 9月14日 | 大学設置基準の一部を改正する省令 |
| 四一 | 9月14日 | 大学通信教育設置基準の一部を改正する省令 |
| 四二 | 9月14日 | 大学院設置基準の一部を改正する省令 |
| 四三 | 9月24日 | 短期大学設置基準の一部を改正する省令 |
| 四四 | 9月24日 | 短期大学通信教育設置基準の一部を改正する省令 |
| 四五 | 9月24日 | 高等専門学校設置基準の一部を改正する省令 |
| 四六 | 9月28日 | 国立大学の学科及び課程並びに講座及び学科目に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四七 | 10月25日 | 専修学校設置基準の一部を改正する省令 |
文部省令・厚生省令
| 一 | 3月26日 | 保健婦助産婦看護婦学校養成所指定規則の一部を改正する省令 |
| 二 | 3月31日 | 理学療法士作業療法士学校養成施設指定規則の一部を改正する省令 |
| 三 | 6月1日 | あん摩マツサージ指圧師、はり師及びきゆう師に係る学校養成施設認定規則の一部を改正する省令 |
| 四 | 6月1日 | 柔道整復師学校養成施設指定規則の一部を改正する省令 |
| 五 | 12月27日 | 保健婦助産婦看護婦学校養成所指定規則の一部を改正する省令 |
| 六 | 12月28日 | 管理栄養士学校指定規則の一部を改正する省令 |