平成11年（1999年）農林水産省令
| 一 | 1月11日 | 土地改良法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 二 | 1月13日 | 野菜生産出荷安定法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三 | 1月21日 | 排他的経済水域における漁業等に関する主権的権利の行使等に関する法律及び海洋生物資源の保存及び管理に関する法律の一部を改正する法律の施行等に伴う関係省令の整理に関する省令 |
| 四 | 1月26日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五 | 1月27日 | 競馬法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六 | 2月9日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七 | 2月15日 | 農地法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八 | 2月15日 | 新事業創出促進法第九条第一項の業種を定める省令 |
| 九 | 2月26日 | 農林水産省組織規程の一部を改正する省令 |
| 一〇 | 3月5日 | 海区漁業調整委員会委員の選挙等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一一 | 3月10日 | 主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 一二 | 3月29日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一三 | 3月30日 | 特定農産加工業経営改善臨時措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一四 | 3月30日 | 漁業災害補償法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一五 | 3月30日 | 農薬取締法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一六 | 3月30日 | 農林中央金庫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一七 | 3月30日 | 農林中央金庫法施行規則の一部を改正する省令の一部を改正する省令 |
| 一八 | 3月31日 | 特定事業者の事業革新の円滑化に関する臨時措置法第二条第一項の特定業種を定める省令の一部を改正する省令 |
| 一九-二〇 | 3月31日 | 農林水産省組織規程の一部を改正する省令 |
| 二一 | 3月31日 | 農林水産省定員規則の一部を改正する省令 |
| 二二 | 3月31日 | 農業協同組合及び農業協同組合連合会の事業報告書、貸借対照表、損益計算書及び附属明細書の記載方法に関する省令の一部を改正する省令 |
| 二三 | 3月31日 | 主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 二四 | 3月31日 | 関税暫定措置法施行令第二条第一項の証明書の発給に関する省令の一部を改正する省令 |
| 二五 | 4月1日 | 水産大学校組織規程の一部を改正する省令 |
| 二六 | 4月1日 | 林業改善資金助成法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二七 | 4月15日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二八 | 4月15日 | 野菜生産出荷安定法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二九 | 4月30日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三〇 | 5月13日 | 肥料取締法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三一 | 5月21日 | 持続的養殖生産確保法施行規則 |
| 三二 | 5月21日 | 沿岸漁業改善資金助成法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三三 | 5月24日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三四 | 5月26日 | 農林業センサス規則の一部を改正する省令 |
| 三五 | 5月28日 | 農林水産省組織規程の一部を改正する省令 |
| 三六 | 6月7日 | 農林中央金庫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三七 | 6月7日 | 農業協同組合及び農業協同組合連合会の事業報告書、貸借対照表、損益計算書及び附属明細書の記載方法に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三八 | 6月11日 | 主要食糧の需給及び価格の安定に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 三九 | 6月11日 | 農業災害補償法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四〇 | 6月11日 | 農業共済基金法施行規則を廃止する省令 |
| 四一 | 6月11日 | 森林開発公団が行う大規模林道事業に係る環境影響評価の項目並びに当該項目に係る調査、予測及び評価を合理的に行うための手法を選定するための指針、環境の保全のための措置に関する指針等を定める省令の一部を改正する省令 |
| 四二 | 6月17日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四三 | 6月22日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 四四 | 6月22日 | 動物用生物学的製剤の取扱いに関する省令の一部を改正する省令 |
| 四五 | 7月1日 | 農地法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四六 | 7月1日 | 動物用医薬品の輸入販売管理及び品質管理に関する省令 |
| 四七 | 7月1日 | 動物用医療用具の輸入販売管理及び品質管理に関する省令 |
| 四八 | 7月7日 | 農林畜水産業関係補助金等交付規則の一部を改正する省令 |
| 四九 | 7月16日 | 農業改良助長法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五〇 | 7月26日 | 卸売市場法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五一 | 7月29日 | 大豆なたね交付金暫定措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五二 | 7月30日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五三 | 8月4日 | 農業改良資金助成法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五四 | 8月5日 | 国有林野の管理経営に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 五五 | 8月31日 | 卸売市場法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五六 | 9月6日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五七 | 9月21日 | 農畜産業振興事業団法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五八 | 9月24日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 五九 | 9月29日 | 農林水産省組織規程の一部を改正する省令 |
| 六〇 | 9月29日 | 漁船損害等補償法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六一 | 9月29日 | 漁船乗組員給与保険法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六二 | 9月29日 | 漁船法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六三 | 9月29日 | 漁船検査規則の一部を改正する省令 |
| 六四 | 9月30日 | 農林中央金庫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六五 | 9月30日 | 森林開発公団法の一部を改正する法律等の施行に伴う関係農林水産省令の整備に関する省令 |
| 六六 | 10月1日 | 農地法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六七 | 10月1日 | 水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六八 | 10月1日 | 犬の輸出入検疫規則の全部を改正する省令 |
| 六九 | 10月22日 | 持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律施行規則 |
| 七〇 | 10月22日 | 農業改良資金助成法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七一 | 10月27日 | イモゾウムシの緊急防除に関する省令の一部を改正する省令 |
| 七二 | 10月27日 | ナシ枝枯細菌病菌の緊急防除を行うために必要な措置に関する省令を廃止する省令 |
| 七三 | 10月29日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 七四 | 10月29日 | 家畜排せつ物の管理の適正化及び利用の促進に関する法律施行規則 |
| 七五 | 11月5日 | 競馬法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七六 | 11月12日 | 持続的養殖生産確保法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七七 | 11月12日 | 卸売市場法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七八 | 11月15日 | 森林管理局署職員服制の一部を改正する省令 |
| 七九 | 11月17日 | 農業委員会等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 八〇 | 11月17日 | 海区漁業調整委員会委員の選挙等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 八一 | 11月30日 | 競馬法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八二 | 11月30日 | 農林中央金庫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八三 | 12月1日 | 感染症の病原体を媒介するおそれのある動物の輸入に関する規則 |
| 八四 | 12月17日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八五 | 12月17日 | アリモドキゾウムシの緊急防除に関する省令の一部を改正する省令 |
| 八六 | 12月17日 | イモゾウムシの緊急防除に関する省令の一部を改正する省令 |
| 八七 | 12月20日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八八 | 12月22日 | 飼料及び飼料添加物の成分規格等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 八九 | 12月28日 | 農業経営統計調査規則の一部を改正する省令 |
| 九〇 | 12月28日 | 砂糖の価格安定等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |