平成11年（1999年）環境庁
環境庁
| 一 | 1月27日 | 特に水鳥の生息地として国際的に重要な湿地に関する条約の指定湿地の件 |
| 二 | 1月27日 | 特に水鳥の生息地として国際的に重要な湿地に関する条約の指定湿地の件の一部を改正する件 |
| 三-一三 | 2月2日 | 国立公園に関する件 |
| 一四 | 2月22日 | 水質汚濁に係る環境基準の一部を改正する件 |
| 一五 | 2月22日 | 環境庁長官が定める排水基準に係る検定方法を定める等の件の一部を改正する件 |
| 一六 | 2月22日 | 地下水の水質汚濁に係る環境基準の一部を改正する件 |
| 一七 | 3月3日 | 未査定液体物質を査定した件 |
| 一八 | 3月12日 | 臭気指数の算定の方法の一部を改正する件 |
| 一九 | 3月12日 | 周辺最大建物の高さ及び周辺最大建物と敷地境界の最短距離の算定の方法を定める件 |
| 二〇 | 3月12日 | 排出ガスの拡散幅及び排出ガスの流れの中心軸の上昇高さの算定の方法を定める件 |
| 二一 | 3月26日 | 公害健康被害の補償等に関する法律第二十六条第一項の障害補償標準給付基礎月額を定める件 |
| 二二 | 3月26日 | 公害健康被害の補償等に関する法律第三十一条第一項の遺族補償標準給付基礎月額を定める件 |
| 二三 | 3月31日 | 新宿御苑及び千鳥ケ淵戦没者墓苑の公開日時等を定める件の一部を改正する件 |
| 二四 | 4月19日 | 作物残留に係る農薬登録保留基準を改正する件 |
| 二五 | 4月19日 | 水質汚濁に係る農薬登録残留基準を改正する件 |
| 二六 | 4月20日 | 温泉利用施設の整備及び環境の改善に必要な地域の指定に関する件 |
| 二七 | 4月20日 | 国民保養温泉地の地域を変更する件 |
| 二八 | 6月1日 | 環境影響評価法の経過措置に係る書類であって作成の根拠が条例又は地方公共団体の行政指導等であるものを指定する件の一部を改正する件 |
| 二九-三〇 | 6月23日 | 狩猟鳥獣の捕獲を禁止する件の一部を改正する件 |
| 三一 | 7月1日 | 自動車の燃料の性状に関する許容限度及び自動車の燃料に含まれる物質の量の許容限度を定める件の一部を改正する件 |
| 三二 | 7月1日 | 地球温暖化対策の推進に関する法律第十二条第一項の規定により全国地球温暖化防止活動推進センターを指定する件 |
| 三三-三七 | 7月30日 | 国立公園に関する件 |
| 三八 | 8月24日 | 作物残留に係る農薬登録保留基準を改正する件 |
| 三九 | 8月24日 | 水質汚濁に係る農薬登録保留基準を改正する件 |
| 四〇-四二 | 8月25日 | 国立公園に関する件 |
| 四三 | 9月14日 | 保護繁殖を特に図る必要がある鳥獣を定める件 |
| 四四 | 9月14日 | 狩猟鳥獣の種類を定める件の一部を改正する件 |
| 四五 | 9月14日 | 狩猟鳥獣の捕獲を禁止、制限する件の一部を改正する件 |
| 四六 | 9月14日 | 鳥獣保護及狩猟ニ関スル法律の規定に基づき環境庁長官が定める法人を定める等の件の一部を改正する件 |
| 四七-四八 | 9月14日 | 狩猟鳥獣の捕獲を禁止する件の一部を改正する件 |
| 四九 | 10月13日 | 温泉の成分の分析検査を行う者を定める件の一部を改正する件 |
| 五〇-五二 | 10月19日 | 鳥獣保護区を設定した件の一部を改正する件 |
| 五三-五四 | 10月19日 | 特別保護地区を指定した件 |
| 五五-六〇 | 10月29日 | 猟区の設定を認可した件 |
| 六一-六三 | 10月29日 | 猟区の設定を認可した件の一部を改正する件 |
| 六四 | 12月13日 | 未査定液体物質を査定した件 |
| 六五-六六 | 12月27日 | 作物残留に係る農薬登録保留基準を改正する件 |
| 六七 | 12月27日 | 水質汚濁に係る農薬登録保留基準を改正する件 |
| 六八 | 12月27日 | ダイオキシン類による大気の汚染、水質の汚濁及び土壌の汚染に係る環境基準について |
環境庁・大蔵省・厚生省・農林水産省・通商産業省
| 一 | 7月28日 | 容器包装廃棄物の分別収集及び分別基準適合物の再商品化の促進等に関する基本方針の一部を変更した件 |
環境庁・厚生省
| 一 | 11月29日 | 廃棄物の処理及び清掃に関する法律施行令の規定に基づき水面埋立地の区域を定める件 |
環境庁・厚生省・通商産業省
| 一 | 6月23日 | 特定家庭用機器廃棄物の収集及び運搬並びに再商品化等に関する基本方針を定めた件 |
環境庁・農林水産省
| 一-二 | 8月31日 | 保護増殖事業計画を定める件 |