昭和63年（1988年）農林水産省
農林水産省令
| 一 | 1月27日 | 農業協同組合及び農業協同組合連合会の行う共済事業に係る責任準備金の積立に関する省令の一部を改正する省令 |
| 二 | 2月6日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三 | 2月18日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四 | 2月23日 | 集落地域整備法施行規則 |
| 五 | 2月24日 | 農林水産省組織規程の一部を改正する省令 |
| 六 | 2月27日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七 | 3月3日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 八 | 3月9日 | 畜産物の価格安定等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 九 | 3月11日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 一〇 | 3月25日 | 牛乳乳製品統計調査規則の一部を改正する省令 |
| 一一 | 3月28日 | 不要存置林野の売払についての国有林野法施行規則の臨時特例に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一二 | 3月30日 | 沖縄の復帰に伴う農林水産省令の適用の特別措置等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一三 | 3月30日 | 食糧管理法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一四 | 3月30日 | 農産物検査法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一五 | 3月31日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 一六 | 4月8日 | 農林水産省所管の不動産登記の嘱託職員を指定する省令の一部を改正する省令 |
| 一七 | 4月12日 | 農林水産省組織規程の一部を改正する省令 |
| 一八 | 4月12日 | 農林水産技術会議事務局組織規程の一部を改正する省令 |
| 一九 | 4月12日 | 農林水産省定員規則の一部を改正する省令 |
| 二〇 | 4月19日 | 食糧管理法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二一 | 4月22日 | 農林水産省組織規程の一部を改正する省令 |
| 二二 | 4月30日 | 食糧管理法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 二三 | 4月30日 | 農産物検査法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二四 | 4月30日 | 専門技術員資格試験等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 二五 | 5月11日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 二六 | 5月17日 | 森林開発公団法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二七 | 5月18日 | 種苗法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二八 | 5月23日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二九 | 6月4日 | 漁業センサス規則の一部を改正する省令 |
| 三〇 | 6月10日 | 農林水産技術会議事務局組織規程の一部を改正する省令 |
| 三一 | 6月14日 | 農林漁業団体職員共済組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三二 | 6月17日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三三 | 6月18日 | 農林水産省組織規程の一部を改正する省令 |
| 三四 | 6月28日 | 農林水産省関係特定産業に係る設備の処理を行うべき設備の生産能力の計算の方法を定める省令を廃止する省令 |
| 三五 | 6月30日 | 農林中央金庫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三六 | 7月1日 | 農業協同組合及び農業協同組合連合会の行う共済事業に係る責任準備金の積立に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三七 | 7月15日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三八 | 7月15日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三九 | 7月22日 | 農用地開発公団法の一部を改正する法律等の施行に伴う関係農林水産省令の整備に関する省令 |
| 四〇 | 7月25日 | 水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四一 | 7月25日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四二 | 7月28日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 四三 | 8月4日 | 作物統計調査規則の一部を改正する省令 |
| 四四 | 9月1日 | 農産物検査法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四五 | 9月14日 | 沿岸漁業改善資金助成法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四六 | 9月19日 | 野菜供給安定基金の財務及び会計に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四七 | 9月28日 | 農林水産省組織規程の一部を改正する省令 |
| 四八 | 9月29日 | 食糧管理法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四九 | 9月30日 | 漁業災害補償法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五〇 | 9月30日 | 漁獲金額の認定基準等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 五一 | 10月25日 | 農業改良資金助成法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五二 | 10月28日 | 農林畜水産業関係補助金等交付規則の一部を改正する省令 |
| 五三 | 11月1日 | 食糧管理法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五四 | 11月1日 | 卸売市場法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五五 | 11月7日 | 製材統計調査規則の一部を改正する省令 |
| 五六 | 11月7日 | 動物用医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 五七 | 11月29日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五八 | 12月12日 | 家畜伝染病予防法施行規則及び犬の輸出入検疫規則の一部を改正する省令 |
| 五九 | 12月16日 | 種苗法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六〇 | 12月22日 | 畜産物の価格安定等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 六一 | 12月23日 | 農林漁業団体職員共済組合の財務及び会計に関する省令等の一部を改正する省令 |
| 六二 | 12月24日 | 漁船法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六三 | 12月28日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 六四 | 12月28日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
農林水産省令・通商産業省令
| 一 | 6月28日 | 特定産業構造改善臨時措置法施行規則を廃止する省令 |
| 二 | 9月30日 | 産業構造転換円滑化臨時措置法施行規則を廃止する省令 |
農林水産省令・通商産業省令・運輸省令
| 一 | 9月30日 | 産業構造転換円滑化臨時措置法施行規則 |
農林水産省令・運輸省令
| 一 | 4月28日 | 漁船特殊規則の一部を改正する省令 |