平成28年（2016年）環境省令
| 一 | 3月25日 | 電気事業法等の一部を改正する法律の施行に伴う環境省関係省令の整理等に関する省令 |
| 二 | 3月29日 | 公害健康被害の補償等に関する法律施行規則及び環境省関係石綿による健康被害の救済に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 三 | 3月29日 | 土壌汚染対策法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四 | 3月29日 | 汚染土壌処理業に関する省令の一部を改正する省令 |
| 五 | 3月30日 | 平成二十三年三月十一日に発生した東北地方太平洋沖地震に伴う原子力発電所の事故により放出された放射性物質による環境の汚染への対処に関する特別措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六 | 4月1日 | 環境省定員規則の一部を改正する省令 |
| 七 | 4月1日 | 環境省組織規則及び公害健康被害補償不服審査会の庶務を処理する組織を定める省令の一部を改正する省令 |
| 八 | 4月1日 | 地方環境事務所組織規則の一部を改正する省令 |
| 九 | 4月28日 | 平成二十三年三月十一日に発生した東北地方太平洋沖地震に伴う原子力発電所の事故により放出された放射性物質による環境の汚染への対処に関する特別措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一〇 | 5月17日 | 動物の愛護及び管理に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 一一 | 5月27日 | 地球温暖化対策の推進に関する法律の一部を改正する法律の施行に伴う環境省関係省令の整理に関する省令 |
| 一二 | 6月6日 | 平成二十三年三月十一日に発生した東北地方太平洋沖地震に伴う原子力発電所の事故により放出された放射性物質による環境の汚染への対処に関する特別措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一三 | 6月6日 | 地方環境事務所組織規則の一部を改正する省令 |
| 一四 | 6月10日 | 悪臭防止法第十三条第二項に規定する指定機関を指定する省令の一部を改正する省令 |
| 一五 | 6月16日 | 排水基準を定める省令の一部を改正する省令の一部を改正する省令 |
| 一六 | 6月20日 | 廃棄物の処理及び清掃に関する法律施行規則等の一部を改正する省令 |
| 一七 | 6月27日 | 農林漁業の健全な発展と調和のとれた再生可能エネルギー電気の発電の促進に関する法律第二十三条の規定により地方環境事務所長に委任する権限を定める省令の一部を改正する省令 |
| 一八 | 7月5日 | 平成二十八年熊本地震により特に必要となった一般廃棄物の処理を行う場合に係る廃棄物の処理及び清掃に関する法律施行規則第十二条の七の十六第一項に規定する環境省令で定める一般廃棄物の特例に関する省令 |
| 一九 | 7月29日 | ポリ塩化ビフェニル廃棄物の適正な処理の推進に関する特別措置法の一部を改正する法律の施行に伴う環境省関係省令の整理に関する省令 |
| 二〇 | 8月4日 | 動物の愛護及び管理に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 二一 | 8月22日 | 南極地域の環境の保護に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 二二 | 9月26日 | 大気汚染防止法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二三 | 9月30日 | 独立行政法人環境再生保全機構に関する省令の一部を改正する省令 |
| 二四 | 11月11日 | 地方環境事務所組織規則の一部を改正する省令 |
| 二五 | 11月15日 | 排水基準を定める省令等の一部を改正する省令及び水質汚濁防止法施行規則等の一部を改正する省令の一部を改正する省令 |
| 二六 | 12月2日 | 環境省関係鳥獣による農林水産業等に係る被害の防止のための特別措置に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 二七 | 12月28日 | 絶滅のおそれのある野生動植物の種の保存に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |