平成28年（2016年）文部科学省令
| 一 | 1月25日 | 学校保健統計調査規則の一部を改正する省令 |
| 二 | 2月3日 | 国家戦略特別区域法に基づく国家戦略特別区域内の平成二十九年度に開設する医学部を置く大学に係る大学設置基準の特例に関する省令 |
| 三 | 3月15日 | 高等学校等就学支援金の支給に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 四 | 3月22日 | 学校教育法等の一部を改正する法律の施行に伴う文部科学省関係省令の整備に関する省令 |
| 五-六 | 3月24日 | 義務教育費国庫負担法第二条ただし書の規定に基づき教職員の給与及び報酬等に要する経費の国庫負担額の最高限度を定める政令施行規則の一部を改正する省令 |
| 七 | 3月29日 | 展覧会における美術品損害の補償に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 八 | 3月29日 | 国立大学法人法施行規則の一部を改正する省令 |
| 九 | 3月29日 | 放送大学学園に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一〇 | 3月30日 | 学校教育法施行規則及び学位規則の一部を改正する省令 |
| 一一 | 3月30日 | 文化財保護法の規定による処分等に関する聴聞、意見の聴取及び不服申立規則の一部を改正する省令 |
| 一二 | 3月30日 | 文部科学省組織規則の一部を改正する省令 |
| 一三 | 3月30日 | 国立教育政策研究所組織規則の一部を改正する省令 |
| 一四 | 3月30日 | 科学技術・学術政策研究所組織規則の一部を改正する省令 |
| 一五 | 3月30日 | 文部科学省定員規則の一部を改正する省令 |
| 一六 | 3月31日 | 学校教育法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一七 | 3月31日 | 学校教育法第百十条第二項に規定する基準を適用するに際して必要な細目を定める省令の一部を改正する省令 |
| 一八 | 3月31日 | 大学設置基準等の一部を改正する省令 |
| 一九 | 3月31日 | 学校教育法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二〇 | 3月31日 | 教育職員免許法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 二一 | 3月31日 | 私立学校教職員共済法施行規則及び私立学校教職員共済法施行規則等の一部を改正する省令の一部を改正する省令 |
| 二二 | 3月31日 | 国立研究開発法人放射線医学総合研究所の財務及び会計に関する省令の一部を改正する省令 |
| 二三 | 4月1日 | 独立行政法人大学評価・学位授与機構法の一部を改正する法律等の施行に伴う文部科学省関係省令の整備に関する省令 |
| 二四 | 4月20日 | 学校基本調査規則及び学校教員統計調査規則の一部を改正する省令 |
| 二五 | 5月2日 | 独立行政法人日本スポーツ振興センターに関する省令の一部を改正する省令 |
| 二六 | 5月13日 | 独立行政法人日本スポーツ振興センターに関する省令の一部を改正する省令 |
| 二七 | 6月20日 | 義務教育諸学校の教科用図書の無償措置に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 二八 | 7月1日 | 独立行政法人日本スポーツ振興センターに関する省令の一部を改正する省令 |
| 二九 | 7月6日 | 教科書の発行に関する臨時措置法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三〇 | 9月30日 | 私立学校教職員共済法施行規則及び社会保障協定の実施に伴う私立学校教職員共済法施行規則の特例等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三一 | 10月19日 | 独立行政法人日本学生支援機構に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三二 | 11月30日 | 私立学校教職員共済法施行規則等の一部を改正する省令の一部を改正する省令 |
| 三三 | 11月30日 | エネルギーの使用の合理化等に関する法律の規定に基づく立入検査をする職員の携帯する身分を示す証明書の様式を定める省令の一部を改正する省令 |
| 三四 | 12月9日 | 学校教育法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三五 | 12月27日 | 大学設置基準の一部を改正する省令 |
| 三六 | 12月28日 | 私立学校教職員共済法施行規則の一部を改正する省令 |