平成28年（2016年）農林水産省令
| 一 | 1月25日 | 医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律に基づく医薬品及び再生医療等製品の使用の禁止に関する規定の適用を受けない場合を定める省令の一部を改正する省令 |
| 二 | 1月26日 | 農林畜水産業関係補助金等交付規則の一部を改正する省令 |
| 三 | 1月27日 | 水産資源保護法施行規則及び持続的養殖生産確保法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四 | 1月28日 | 農地法施行規則等の一部を改正する省令 |
| 五 | 1月29日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六 | 1月29日 | 農業協同組合法等の一部を改正する等の法律の施行に伴う農林水産省関係省令の整備に関する省令 |
| 七 | 1月29日 | 農地法施行規則の一部を改正する省令 |
| 八 | 2月5日 | プラムポックスウイルスの緊急防除に関する省令の一部を改正する省令 |
| 九 | 2月24日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一〇 | 3月1日 | 水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一一 | 3月10日 | 種苗法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一二 | 3月11日 | 農林物資の規格化等に関する法律施行規則及び食品表示法第八条第二項及び第九条第一項の規定による立入検査及び質問並びに食品表示法第十五条の規定による権限の委任等に関する政令第五条第三項、第四項及び第七項の規定による都道府県知事の報告に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一三 | 3月18日 | 動物用医薬品及び医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一四 | 3月23日 | 農林地所有権移転等促進事業及び農業経営改善安定計画に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一五 | 3月23日 | 飼料及び飼料添加物の成分規格等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 一六 | 3月24日 | 肥料取締法施行規則及び農薬取締法施行規則の一部を改正する省令 |
| 一七 | 3月25日 | 地方自治法の一部を改正する法律の施行に伴う農林水産省関係省令の整理に関する省令 |
| 一八 | 3月28日 | 農地法施行規則及び農業振興地域の整備に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 一九 | 3月28日 | 農地中間管理事業の推進に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 二〇 | 3月30日 | 持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 二一 | 3月30日 | 独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律の施行に伴う農林水産省関係省令の整備に関する省令 |
| 二二 | 3月31日 | 森林法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二三 | 3月31日 | 行政不服審査法の施行に伴う農林水産省関係省令の整備に関する省令 |
| 二四 | 3月31日 | 農林畜水産業関係補助金等交付規則の一部を改正する省令 |
| 二五 | 3月31日 | 農業経営基盤強化促進法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二六 | 3月31日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 二七 | 3月31日 | 農林水産省定員規則の一部を改正する省令 |
| 二八 | 4月1日 | 野菜生産出荷安定法施行規則の一部を改正する省令 |
| 二九 | 4月1日 | 独立行政法人農畜産業振興機構の業務運営、財務及び会計並びに人事管理に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三〇 | 4月1日 | 卸売市場法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三一 | 4月1日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三二 | 4月5日 | 農産物検査法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三三 | 4月18日 | 飼料及び飼料添加物の成分規格等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三四 | 4月19日 | 家畜改良増殖法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三五 | 4月20日 | 農林水産省関係地域再生法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三六 | 4月22日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 三七 | 5月18日 | 漁船損害等補償法施行規則の一部を改正する省令 |
| 三八 | 5月19日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 三九 | 5月19日 | 特定大臣許可漁業等の取締りに関する省令の一部を改正する省令 |
| 四〇 | 5月24日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四一 | 5月25日 | 農地法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四二 | 6月1日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四三 | 6月1日 | 農林物資の規格化等に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 四四 | 6月6日 | 動物用医薬品及び医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四五 | 6月14日 | 海区漁業調整委員会委員の選挙等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 四六 | 6月30日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 四七 | 6月30日 | 農業協同組合法施行規則及び水産業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 四八 | 7月14日 | ミカンコミバエ種群の緊急防除に関する省令を廃止する省令 |
| 四九 | 7月15日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 五〇 | 7月21日 | 外国人漁業の規制に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 五一 | 7月26日 | 漁業近代化資金融通法施行規則 |
| 五二 | 7月29日 | 農業協同組合法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五三 | 8月29日 | 漁船法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五四 | 9月7日 | 農林水産省定員規則の一部を改正する省令 |
| 五五 | 9月8日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五六 | 9月16日 | 動物用医薬品及び医薬品の使用の規制に関する省令の一部を改正する省令 |
| 五七 | 9月20日 | 農地法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五八 | 9月20日 | 農林水産省関係国家戦略特別区域法施行規則の一部を改正する省令 |
| 五九 | 9月20日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 六〇 | 9月20日 | 飼料及び飼料添加物の成分規格等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 六一 | 9月23日 | ジャガイモシロシストセンチュウの緊急防除に関する省令 |
| 六二 | 9月27日 | 農林水産省の職員が検査の際に携帯する身分証明書の様式を定める省令の一部を改正する省令 |
| 六三 | 9月28日 | 動物用医薬品等取締規則の一部を改正する省令 |
| 六四 | 9月30日 | 農林水産省組織規則の一部を改正する省令 |
| 六五 | 9月30日 | 動物用医薬品等取締規則等の一部を改正する省令 |
| 六六 | 9月30日 | 流通業務の総合化及び効率化の促進に関する法律第二条第十二号ロの法人を定める省令の一部を改正する省令 |
| 六七 | 10月20日 | 農林畜水産業関係補助金等交付規則の一部を改正する省令 |
| 六八 | 10月24日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 六九 | 10月24日 | 農林水産省の所管する法令に係る民間事業者等が行う書面の保存等における情報通信の技術の利用に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 七〇 | 10月31日 | 家畜伝染病予防法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七一 | 10月31日 | 農薬取締法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七二 | 11月22日 | 農業経営統計調査規則の一部を改正する省令 |
| 七三 | 12月1日 | 農業経営基盤強化促進法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七四 | 12月2日 | 鳥獣による農林水産業等に係る被害の防止のための特別措置に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 七五 | 12月7日 | 漁業経営に関する補償制度の改善のための漁船損害等補償法及び漁業災害補償法の一部を改正する等の法律の施行に伴う関係省令の整備等及び経過措置に関する省令 |
| 七六 | 12月9日 | エネルギーの使用の合理化等に関する法律第八十七条第十四項の規定による立入検査証の様式を定める省令の一部を改正する省令 |
| 七七 | 12月19日 | 肥料取締法施行規則の一部を改正する省令 |
| 七八 | 12月22日 | 指定漁業の許可及び取締り等に関する省令の一部を改正する省令 |
| 七九 | 12月22日 | 特定農林水産物等の名称の保護に関する法律施行規則の一部を改正する省令 |
| 八〇 | 12月28日 | 植物防疫法施行規則の一部を改正する省令 |